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Thèse soutenue le Mardi 19 janvier 2021

Résumé :

"Réponses fonctionnelles et structurelles des communautés microbiennes
de sédiments aux contaminants"
Les sédiments représentent une composante essentielle des écosystèmes
fluviaux et lacustres, à travers la diversité biologique abritée, mais
aussi par les fonctions écologiques qu'elle assure. Les sédiments sont
également des récepteurs naturels pour certains contaminants qui s’y
accumulent avec le temps, comme les éléments traces métalliques (ETM) ou
les polychlorobiphényles (PCB). Les fonctions qui y sont assurées par
les micro-organismes, dégradation de la matière organique, production de
gaz à effets de serre, ou production de biomasse pouvant alimenter le
réseau trophique benthique, pourraient ainsi se trouver impactées par
l’accumulation de ces contaminants. Parmi les principaux défis de
l’écotoxicologie, le développement d’outils permettant d’établir les
liens entre exposition aux toxiques et effets biologiques représente un
enjeu particulièrement important en vue d’appréhender finement l’impact
des contaminants sur la qualité écologique des milieux récepteurs. Un
des moyens d’intégrer une dimension écologique aux approches
écotoxicologiques est de privilégier les études à l’échelle des
communautés, ce qui permet de considérer dans ces approches la notion de
biodiversité spécifique et fonctionnelle, paramètre important en vue
notamment d’évaluer l’impact des toxiques sur le niveau d’intégrité
fonctionnelle des écosystèmes. Dans ce contexte, les principaux
objectifs de ce travail de thèse seront (1) d’établir les effets
écotoxiques d’ETM et de PCB dans le sédiment, en évaluant en microcosmes
la réponse fonctionnelle de communautés microbiennes du sédiment à des
niveaux d’exposition variables à ces toxiques, en fonction des
caractéristiques du sédiment et de la biodisponibilité des contaminants,
(2) de développer, à partir des fonctions microbiennes les plus
sensibles, des approches PICT pour évaluer /in situ/ l’impact chronique
de ces toxiques dans le compartiment sédimentaire, et (3) de mettre en
œuvre ces approches PICT dans le compartiment sédimentaire de différents
milieux lotiques et lacustres présentant des niveaux de contamination
aux métaux et aux PCB variables.